Его подозревают в незаконной продаже двух тысяч тонн металлоконструкций стоимостью около 100 млн рублей, которые были предназначены для строительства линии обороны в зоне СВО.
По версии следствия, Попов и двое его сообщников — предприниматель из Краснодарского края и офицер Южного военного округа — продали несколько тысяч тонн металла, которые закупили в рамках гумпомощи от ВГА Запорожской области. Материал был предназначен для строительства инженерных сооружений 58-й армии.
Летом 2023 года Ивана Попова отстранили от командования. Потом отправили в Сирию. Через некоторое время вызвали в Москву на допрос по делу о мошенничестве в особо крупном размере. Изначально главным подозреваемым был заместитель Попова, теперь — он сам.